Con la expansión de la alfabetización y el surgimiento de la imprenta, la criptografía comenzó a sistematizarse y difundirse. Los primeros tratados y manuales sobre técnicas de cifrado y descifrado se convirtieron en herramientas fundamentales para la formalización de esta disciplina. Obras como "Polygraphiae" de Johannes Trithemius o "La cifra" de Giovan Battista della Porta recopilaron métodos, principios y aplicaciones prácticas, facilitando el acceso al conocimiento criptográfico y promoviendo su perfeccionamiento en diversos contextos.
Paralelamente, se experimentó con variantes más complejas de cifrado. Entre ellas, se incluyeron métodos que reemplazaban sílabas o incluso palabras enteras en lugar de letras individuales, añadiendo capas adicionales de complejidad. Estas innovaciones ampliaron el repertorio de técnicas disponibles y sentaron las bases para la diversificación de métodos que surgirían posteriormente. La criptografía dejó de ser únicamente un arte secreto reservado para la élite, para convertirse en una disciplina en constante evolución, adaptándose a las necesidades estratégicas de cada época.
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